元气骑士中有丰富的武器融合系统，多种武器可以通过特定组合合成为更强大的新武器。目前可以融合的武器包括近战类的光剑系列、弓箭类的火焰弓与冰霜弓、手枪类的鹰系列武器、冲锋枪类的时代系列以及雪狐系列步枪等。两把特定的武器如火焰剑和冰霜剑可以融合为雷剑，而三把不同颜色的光剑则可以合成为光剑土豪金。这些融合武器不仅造型独特，攻击方式与特效也往往得到显著增强，成为玩家探索地牢的有力助力。
武器融合的操作有特定条件，必须在关卡地牢中进行，初始房间或客厅的锻造台无法直接完成合成。当你携带了可融合的武器进入地牢，在拾取或切换武器时，如果满足融合条件，屏幕右下角会出现一个漩涡状的合成按钮。对于两把武器的融合，通常需要手持其中一把，并将另一把放置在地面上。融合前务必记得卸下武器上装配的配件，否则配件会在融合过程中被直接消耗掉。部分融合武器需要先解锁对应的设计图才能进行合成。
游戏中存在一些需要三把基础武器才能完成的复杂融合配方。合成群星之弓需要集齐火焰弓、冰霜弓和珺之弓，而合成光剑土豪金则需要红、蓝、绿三色光剑。进行这类融合时，玩家需要利用角色技能或天赋来增加武器栏位，常见的做法是手持两把武器，再将第三把武器放在地上，或者借助骑士的二技能实现三持状态来完成合成。这种多武器融合往往能产生威力巨大或效果独特的武器。
合成后的武器通常会改变攻击模式，其强度与适用场景也各不相同。有些融合武器如雷剑、宙斯之矛拥有强力的范围伤害和元素效果，清怪效率极高。而另一些如嘤嘤鹰，其合成步骤复杂且更偏向娱乐性质。并非所有武器都能参与融合，例如部分红色品质的武器就无法作为融合材料。建议玩家根据自己角色的战斗风格和当前关卡的需求，来规划武器的融合路线，优先合成能弥补自身短板或强化优势的武器。
除了直接使用武器进行融合，游戏中的工匠配件有时也能起到类似强化的作用，例如时间胶囊、反应堆或进阶套件等。这些配件可以与特定武器结合，使其获得性能提升或改变形态，例如让次次时代冲锋枪进阶为次次次时代冲锋枪。合理利用融合系统，能将看似普通的武器组合成强力的神兵利器，极大地丰富游戏玩法与战斗策略。
